以色列国防军的最高军事指挥机关是总参谋部，其常任成员是各军种司令和军区司令，它统一控制国防军所有军兵种，下设作战、情报、人力、后勤和技术、计划等部门，下辖陆军(称联合地面部队司令部)、海军、空军三个军种司令部，北部、中部、南部三个军区司令部和一个后方司令部。

负责全军的训练和作战指挥及部队管理等事宜，总参谋长是实际上的国防军司令，一般为中将军衔，是以军军衔最高的军事指挥官，通过陆海空三军司令和各军区司令实施对全军的指挥和管理，军队的一切事宜均由总参谋长对国防部长负责，他是总参谋部和内阁之间的桥梁。以色列全国划分为北、中、南三个军区，军区司令由少将担任，军区参谋长由准将担任，军区司令部下设作战、情报、人事、后勤、军法和乡土防御等部门，主要任务是负责动员、指挥、训练和管理所属现役部队和预备役人员，战时，各军区建立前线指挥部，负责一个或数个战场的作战指挥。

每个军区都是一个独立的作战军团，有自己的常备部队和专业分队，战时根据任务和需要还可得到其他部队和分队的加强及空军的支援。